見積書・請求書の明細金額の端数処理を設定できますか？

はい。可能です。
ツバイソの見積書・請求書の明細の端数処理は、取引先ごとに指定した設定で計算します。
過去に計算した明細を現在の設定にするには、再計算してください。
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