はい。できます。
販売管理や購買管理での明細入力時に部門コードを選択することで、月次推移表などの集計画面で部門ごとの損益を確認することができます。

ツバイソID（社員）ごとに複数の部門を設定することができますので、担当者Aは共通部門とX部門の管理のみ、担当者Bは共通部門とX部門、Y部門の管理を行うといった使い方ができます。

部門の設定は下記で行うことができます。
トップページ＞管理者メニュー＞マスタ管理＞部門管理

社員毎の部門の設定は下記で行うことができます。
トップページ＞人事管理＞社員管理＞「詳細」ボタン＞「ユーザー情報」ボタン＞「部門コード」